あらすじ
マイケル・ワゾウスキ（マイク）は、小学生の頃は小さい身体つきを理由に、同級生から鬱陶しく思われていた。そんなある日、学校の授業でモンスターズ・インクの見学にきた時に、“怖がらせ屋”フランク・マッケイの勇姿を目の当たりにし、彼からも気づかれなかったことを評価され、自分も怖がらせ屋になることを決意する。月日は流れ、マイクはフランクの出身校・モンスターズ・ユニバーシティ（MU）に入学することに。
マイクが所属する、怖がらせ屋を育成する「怖がらせ学部」には著名な怖がらせ屋を代々輩出するサリバン家のエリート、ジェームズ・P・サリバン（サリー）やランドール・ボッグス（ランディ）も入学していた。しかしサリーは自らの才能に慢心しており、なにかにつけて努力家のマイクを馬鹿にする。当初は教師達から名門であることもあり、サリーの才能が高く評価されたが後に努力して成績をあげるマイクのほうが評価されていった。
そして、怖がらせ学部の期末試験の日。試験に臨もうとするマイクとサリーだったが、二人は小競り合いの末にハードスクラブル学長の記念悲鳴ボンベを壊してしまい、ついには学長に「二人とも怖がらせ屋には向いていない」と言い放たれてしまう。学部を追放され、苛立つサリーと意気消沈するマイク。そんな時、部屋に戻ったマイクの目に飛び込んできたのは、MUの伝統行事「怖がらせ大会」のチラシ。彼は怖がらせ学部に復帰するために大会への出場を決意する。出場資格は6人の団体であること。そんな中マイクとサリーを唯一受け入れてくれたのは、MUの落ちこぼれ達が集うサークル「ウーズマ・カッパ」。彼らは怖くない上に、へんてこながらも愛すべき仲間たちと大会での優勝を目指すことになる。
初戦敗退の危機に陥るもなんとか大会を進めるが、ロアーの罠によってウーズマ・カッパはMUの笑いものにされてしまった。さらにロアーのリーダー・ジョニー・ワーシントンに「お前たちには怖がらせ屋じゃなくて、郵便係りがお似合いだ」と言われてしまう。諦めかけたその時、マイクは一同を本物の怖がらせ屋のいる会社へ向かい、ウーズマ・カッパの面々は自分達と同じ個性を持つプロを見てやる気を取り戻し、今まで衝突していたマイクとサリーもお互いカード集めをしていたことを知り、お互いに自身の間違いに気付き、協力し合うようになった。サリーは真剣に練習に励み、自分達の個性を活かしたウーズマ・カッパは決勝目前まで勝ち進むことができた。そして、大会最終日ロアー・オメガ・ロアー対ウーズマ・カッパの対決となっていた。互いに引けを取らない勝負を繰り出す。アンカーはロアーのリーダー・ジョニーとマイクだった。ジョニーは腹の底から唸り声をあげ、高得点を入れる。マイクも負けじとこれまでにないほどの唸り声をあげる。すると、その結果はジョニーをも上回るほどの高得点だった。優勝はウーズマ・カッパのものに。
大会に優勝して、怖がらせ学部に戻れたマイクは上機嫌で吠える。ところが、軽い程度だったのに、人形が突然悲鳴をあげ高得点をあげた。今度は指を鳴らすと、人形はまたもや悲鳴をあげて高得点に。指を鳴らしただけで子供が怖がるはずがないと不思議に思ったマイクは、ベッドの下の子供の難易度を見ると、ほかのメンバーは最高レベルなのに、彼だけ低い。実はサリーはマイクに恥をかかせないよう大会前に細工していた。サリーが犯人と知ったマイクは裏切られたと怒り、その場を去ってしまう。
良かれとやったつもりが逆にマイクを傷付けてしまったサリーはロアーのメンバーに歓迎されるも、サリーはトロフィーを押し付け、学長に自分がイカサマをしたことを話し、キャンパスからの追放を命じられる。するとそこへ、警備員がドアの研究室に異常があったことを伝えていた。マイクが自分が怖がらせ屋に相応しいことを証明しようと、完成前のドアを使って中へ入っていく。そして、キャンプに来ていた子供たちに吠えるも、子供たちから「かわいい」と喜ばれるだけで怖がってもらえない。そして、追い詰められて絶体絶命のピンチに。慌てて入ってきたサリーもドアの中へ。しかしそこには警官が待ち構えていた。サリーは逃げ延びているうちに、マイクを見つける。サリーは自分がしたことをマイクに謝り、自分はなんのとりえもない役立たずだと言う彼に対し、サリーも自分は本当は怖がりだと明かす。サリーは今までは友達ではなかったので、それが言えなかった。しかし、再び警官に見つかり、再びクローゼットから元の世界へ帰ろうとするが、そこはただのクローゼット。実は元の世界で学長がドアの電源を切っていた。
そこで、マイクは「警官たちを脅かして、悲鳴をあげさせればドアが開く」と言うが、子供ならまだしも大人は簡単には怖がらない。しかし、マイクに作戦があり、マイクが指示すると二人はキャンプハウスの中で暴れまわった。それに動揺する警官たち。そして、マイクが彼らを転ばせると、サリーは腹の底から大声で吠えた。警官たちは悲鳴をあげ、怯えて逃げ出してしまう。今が元の世界に戻れるチャンスだ。サリーとマイクはドアに向かって飛び込むと、ドアは大爆発。マイクの足元には爆発で焼けた、恩師の帽子が残された。そこへCDAと隊長のロズが現れ、二人を連行していった。事件からしばらくたった日のこと、サリーは大会でイカサマをしたこと、マイクは昨夜の事件を引き起こした為、退学させられることに。一同はそのことを残念に思うも、学長に認められて、怖がらせ屋に入部できていた。さらにドンとスクイシーのママ・シェリーは結婚することが決まった。別れ際にマイクは「皆は最高の怖がらせ屋だ！こんな恐ろしい奴ら、俺は見たことはない」と仲間達の健闘を祈り、大学を去った。
サリーとマイクの別れの時が来た。マイクはサリーに別れを告げるとバスに乗って、大学を離れようとした。その時、バスの窓の外から青い毛むくじゃらの腕と共にサリーが顔を出して、マイクは驚く。サリーは「マイクのような奴はほかにいない。みんなは俺がリーダーだと思ってるようだが、俺はただお前に便乗してただけだ。学長と約束したのも、あのダメなチームを優勝させたのもお前だ。ドアが壊れたほどの悲鳴を集めたのは俺だけじゃない。俺は初日から鉛筆も置いてきたんだぞ」という。そして、サリーは「お前は怖くないが、怖い者知らずで勇敢」だと言い、マイクは今まで怖い者知らずだと言われたことがなかったので微笑んだ。マイクの凄さを見抜けなかった学長は見る目がないと言おうとしたところに学長が現れ、あの事件の一面を見せてくれた。学長は「あなたたちみたいなモンスターも必要なのかも知れません。ですが、あなたたちを退学せざるを得ませんでした。私にできることは幸運を祈ることだけです」と言い、そしてマイクに「みんなを驚かせて」と言い残すと飛び去っていった。学長から励ましの言葉をもらった、マイクとサリーは怖がらせ会社で郵便係のアルバイトを始める。それから月日が流れ、サリーは怖がらせ屋にマイクはアシスタントに昇進した。そして、マイクは子供の時以来二度目の絶叫フロアに足を踏むと、初めての仕事に取り掛かった。